非法营运的管理部门主要是 交通运输部门，具体包括行业主管部门交通部门和综合管理部门工商部门。这些部门都有行政处罚权，并且依据《中华人民共和国道路运输条例》等相关法律法规对非法营运行为进行查处。

交通部门

行业主管部门，负责对班线车辆和旅游车辆的管理，由交通部门的运管机构具体负责。

委托运管机构管理出租车。

负责查处非法营运行为，包括自备车拉客收费的经营行为。

工商部门

综合管理部门，对无照经营的班线、旅游、出租客运进行罚款，罚款金额在2万元以下，社会危害严重的，可处以2万元以上20万元以下的罚款，并可没收运输工具。

联合执法

专项整治期间，多家部门将常态化开展联合执法，对非法营运、乱停乱放等违法违规行为进行联合整治。

建议：

非法营运行为应受到严厉打击，建议公众遵守相关法律法规，选择合法营运方式。

公众在遇到非法营运行为时，可以向当地交通运输部门或相关执法机构举报，以维护自身权益和交通安全。