保护商家权益的机构包括：

拼多多商家权益保护委员会：

由拼多多集团执行董事、联席CEO赵佳臻担任委员会主任，统筹平台治理、招商、客服、技术、产品等团队，全面研究商家需求，收集商家反馈意见，优化商家经营体验，完善商家服务机制，持续提升商家满意度。

市场监督管理部门：

国家市场监督管理总局及其地方分支机构负责监管市场，保护消费者权益，处理消费者投诉，查处市场违法行为，维护市场交易秩序。

法律机构：

人民法院负责审理涉及消费者权益争议的案件，依法惩处侵害消费者合法权益的违法犯罪行为。

商会和行业协会：

商家可以加入商会、商业协会等组织，通过组织的力量来维护自己的权益。这些组织通常会为会员提供法律咨询、协调解决纠纷等服务。

消费者协会：

消费者协会也承担保护消费者权益的职责，通过调解、教育、监督等方式，帮助消费者和商家解决争议。

这些机构通过各自的方式和职能，共同保护商家和消费者的合法权益，维护市场秩序和公平正义。