公司考勤记录档案至少应当保存 两年以上。这一规定是为了维护企业的利益，并确保在需要时能够提供相关记录以备查验。尽管没有明确的法律规定考勤记录必须保存多久，但许多地方性的法规和条例建议或要求保存至少两年。例如，江苏省就明确规定用人单位必须保存劳动考勤记录不得少于两年。

此外，虽然有些情况下可能会建议或要求保存更长时间，例如三年，但这些并不是普遍的法律要求，而是特定地区或特定情况下的规定。

因此，综合考虑，公司至少应当保存考勤记录两年以上，以符合一般的法律要求和行业惯例。