日本签证备注通常指的是在签证纸上注明的附加信息，这些信息可能包括签证签发地、签证的有效期限、签证的种类、签证编号、停留时间、签证性质等。这些信息有助于日本出入境管理机构、使领馆等在需要时进行验证和记录。

例如，如果签证上注明“特别”或“特定”，可能指的是签证持有者访问的地区具有特殊性，如冲绳或日本的东北三县。而如果签证上注明“免费”，可能意味着签证持有者访问冲绳时，无论是单次还是多次签证，领馆都不收取签证费。

需要注意的是，护照备注页是专门用于发证机关、查验机关等加注相关信息的，原则上不应贴签证。如果签证被错误地贴在备注页上，或者出入境章盖到了备注页上，这并不会影响签证和护照的正常使用。