公司变更监事的程序如下：

召开股东会

讨论选举和更换非由职工代表担任的监事。

形成会议决议，决定更换监事。

形成会议决议

在股东会上，通过公司章程规定的表决程序，作出更换监事的有效决议。

向原公司登记机关备案

提交监事变更事项的相关材料，包括公司备案申请书、指定代表证明、监事变动文件等。

提交必要文件

法定代表人签署的《公司备案申请书》（公司加盖公章）。

公司签署的《指定代表或者共同委托代理人的证明》（公司加盖公章）及指定代表或委托代理人的身份证件复印件。

《公司登记附表-董事、监事、经理信息》（公司加盖公章）。

监事发生变动的文件，如股东大会会议记录、董事会决议等。

等待备案完成

提交完所有材料后，等待原公司登记机关的备案，通常需要七个工作日左右。

以上步骤均需严格遵循《中华人民共和国公司法》的相关规定，确保程序的合法性和有效性。