堤围防护费应该记入 管理费用科目，具体为“管理费用-其他”或“管理费用-堤围防护费”。在会计记账中，费用的记录需要对应相应的科目，堤围防护费由于其性质属于管理费用，因此在记账时应选择“管理费用”科目。同时，为了更好的进行管理，还应该在管理费用科目中设置二级明细堤围费，以更好的统计和管理堤围费的具体情况。

此外，堤围防护费的使用应严格按照其限定使用的范围，专项用于河道管理、清淤维护、排涝设施、堤防、小型水库等堤围工厂建设和维护。堤围防护费列入企业生产经营成本，在计征所得税时准予抵扣。

综上所述，堤围防护费应记入“管理费用”科目，具体分类为“管理费用-其他”或“管理费用-堤围防护费”，并且该费用可以计入企业生产经营成本，在计征所得税时准予抵扣。