增值税普通发票的退税处理方式如下：

未跨月的发票作废

如果增值税普通发票尚未跨月，可以直接在税务管理平台上进行作废操作。

跨月发票的处理

对于已经跨月的发票，可以通过开具负数发票的方式进行冲减。

开具红字发票

可以直接开具红字发票来冲销原发票，具体操作步骤为：进入系统，选择“发票管理” -> “发票开具管理” -> “已开发票作废”，然后选择欲作废的发票号码，点击作废按钮，系统会弹出作废确认提示框，确认后作废成功。

退税申请表填写与提交

退税需要填写退税申请表，并附上相关证明材料，如税票、原发票、红字发票、重开发票的复印件等，然后提交给税务局办税窗口。审批和退库手续由税务人员处理。

特殊情况处理

对于出口企业和其他单位丢失增值税专用发票抵扣联的情况，可以在增值税专用发票认证相符后，凭增值税专用发票的发票联复印件向主管出口退税的税务机关申报退（免）税。

建议：

退税前，建议先与税务局沟通确认，确保所有材料和操作符合规定，以提高退税效率。

退税过程中，务必保留好所有相关发票和证明材料，以备税务人员审核。