科三考试补考费的缴纳方式有以下几种：

通过市交通管理局的考试预约服务系统缴纳

进入市交通管理局的考试预约服务系统，录入身份证号码、考试预约码以及验证码登录。

点击右上角的补考费缴纳选项，选择补考费缴纳并阅读补考网上缴费声明公告，点击已查看、下一步。

进入补考网上缴费登陆界面，输入证件号码、验证码，然后点击登录。

核实身份信息、证件号码，填写姓名、邮寄地址以及联系电话，选择要补考的科目，点击确认。

进入补考网上缴费，确认订单信息，如果信息不准确，点击“重新下单”选项，如果个人信息确认无误，选择支付方式，点击“确认付款”进行线上补考费支付。

通过交管12123手机应用程序缴纳

打开交管12123手机APP并输入账号密码登录，未注册的则先点击注册，按要求填写相关信息，完成注册后再返回登录界面登录。

在主页上找到“驾照业务流程”，然后点击“报名费缴纳”。

进入“未缴费”频道，并选择需要缴费的学科进行支付即可。如果遇到无法交费的情况，可以尝试退出或重启手机，确保网络服务稳定后再次尝试。如果问题仍然存在，可以向平台反馈意见。

通过驾校缴纳

可以将补考费交给驾校，由驾校统一交给当地交通部门。这种方式较为便捷，通常驾校会协助学员处理相关手续。

通过银行转账到车管所账户

可以选择网上或者银行直接转账到车管所账户。补考费是由考试中心统一收取的，补考费含两部分，一部分由车管所收取。

建议选择以上任意一种方式进行缴纳，确保在考试当天前完成补考费的支付，以免影响考试进程。