码头的管理主要涉及以下部门：

交通运输部：

负责全国港口经营行政管理工作，包括港口岸线工作。

省、自治区、直辖市人民政府交通运输（港口）主管部门：

负责本行政区域内的港口经营行政管理工作。

设区的市（地）、县人民政府确定的具体实施港口行政管理的部门：

负责该港口的港口经营行政管理工作。

港航局：

一般负责港口码头的航行、配套船只、人员等调度管制。

水利局：

负责河道码头的运营管理，包括货物运输、船上运输安全、码头运营安全管理等。

海洋渔业主管部门：

负责游船游艇码头的管理。

地方土地管理所、河道管理所、环境卫生管理局、工商局、贸工局、税务局：

负责内河码头的相关管理工作。

综上所述，码头的管理主要归交通运输部及地方政府相关部门负责，具体管理职责可能因地区和码头类型而异。建议根据具体码头类型和所在地区，咨询相关部门以获取准确的管理部门信息。