公司注册资金应当在 银行账户中。具体来说，公司注册时需要将注册资金存入预先核准的公司名称开立的账户里，这笔资金仍是公司所有，无需交纳到工商局。股东以货币出资的，应当将货币出资足额存入有限责任公司在银行开设的账户。同时，实缴资本资金也会存入公司的指定账户。

综上所述，公司注册资金应当存入公司名下的银行账户中，以便于管理和使用。