处理违章扣分的方法如下：

携带证件：

携带本人的身份证、驾驶证和机动车行驶证到违章处理大厅办理。

查询违章记录：

在违章处理大厅或交警大队查询是否有未处理的违章记录。

处理违章：

确认违章记录后，工作人员会开具违章处罚决定书。

缴纳罚款：

拿着处罚决定书在15日内到指定的银行（如工行、建行、中行等）缴纳罚款。注意，超过15日未缴纳会有滞纳金，每日按罚款数额的3%加处罚款。

保留票据：

交完罚款后，保留好处罚决定书和交款票据，以备后续查询或核对。

学习考试：

如果在一个记分周期内扣分达到12分，需要参加道路交通安全法律、法规的学习和考试，考试合格后，扣分才会清除。

建议：

尽早处理违章扣分，避免滞纳金和可能的学习考试。

可以利用交管12123等手机APP进行在线处理，方便且快捷。

如果扣分较多，可以考虑分几次处理，避免一次性扣满12分。