东莞车牌号靠后的主要原因是 经济发展水平和城市规模的排序因素。在1993年确定车牌号时，东莞的经济并不发达，汽车保有量也较少，因此被分配到了相对靠后的字母“S”。此外，东莞在80年代才从县级市升格为地级市，这也影响了其车牌号的排序。

具体来说，广东省的车牌号排序一般是根据各地级市的经济实力、城市规模等因素来确定的。在1993年，东莞的经济实力相对较弱，汽车数量也不多，因此被排在了后面。随着时间的推移，东莞经济快速发展，汽车保有量也大幅增加，但车牌号已经固定，无法更改。

因此，东莞车牌号靠后并不是因为其地理位置或行政级别的特殊性，而是由于其当时的经济状况和汽车保有量所决定的。