当狗狗在宠物店丢失时，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，宠物店应当按照以下方式赔偿：

照价赔偿

若宠物店未尽到妥善保管措施导致宠物犬丢失，应对宠物主人进行全额赔偿。

协议赔偿

若双方此前已签订相关协议对宠物犬在店内因疾病或其他因素离世、丢失等情况作出明确规定，则应按照协议约定进行赔偿。

额外精神抚慰金

鉴于宠物犬与其主人之间具有深厚情感纽带，双方可以协商在扣除宠物犬原价值后，额外支付一定金额作为精神抚慰金，以弥补宠物犬长时间陪伴所带来的沉痛损失和心灵创伤。

法律途径

若双方无法通过协商达成一致，寄存人（即狗主人）可准备起诉状及证据，向法院起诉，要求按实际损失赔偿。法院将根据狗狗的市场价格、治疗费用、寻找狗狗的费用以及主人的心理困扰等因素判决赔偿金额。

建议

协商解决：建议首先与宠物店进行友好沟通协商，以达成双方都能接受的赔偿协议。

保留证据：在协商或诉讼过程中，务必保留好所有相关证据，如宠物店的服务记录、之前的协议、医疗费用单据等，以确保自身权益得到保障。

法律咨询：在处理此类纠纷时，建议咨询专业律师，获取更具体的法律建议和帮助。