根据最新的信息，日本留学签证的费用如下：

一次有效签证：

人民币200元。

多次有效签证：

人民币400元。

代办机构费用：

如果委托代办机构办理，则另外加收200元，总费用为600元。

建议：

如果签证为一次有效，费用为200元。

如果签证为多次有效，费用为400元。

考虑委托代办机构办理时，总费用为400元（签证费）+ 200元（代办费）= 600元。

请注意，签证费用可能会根据每年的汇率变化进行调整，建议在办理签证前确认最新的费用。