日本留学签证需要办理的公证主要包括以下几项：

无犯罪记录公证

需准备材料：护照原件及复印件、身份证原件及复印件、户口簿原件及复印件、无犯罪记录证明原件及复印件。

办理流程：前往户籍所在地派出所开具无犯罪记录证明，然后前往当地公证处办理公证手续。

毕业证书公证

需准备材料：毕业证书扫描件、学生身份证正反面扫描件。

办理流程：将材料提交至当地公证处进行公证。

成绩单公证

需准备材料：成绩单扫描件、学生身份证正反面扫描件。

办理流程：将材料提交至当地公证处进行公证。

户口本公证

需准备材料：整本户口本扫描件、学生身份证正反面扫描件。

办理流程：将材料提交至当地公证处进行公证。

亲属关系公证

需准备材料：申请人及亲属的身份证和户口本原件、学生本人的出生证明。

办理流程：在户籍所在地的县级以上公证处办理，需告知公证员需要日文翻译。

预毕业证明公证

需准备材料：预毕业证明扫描件、学生身份证正反面扫描件。

办理流程：将材料提交至当地公证处进行公证。

其他可能需要的公证

如结婚证公证、身份证公证、住所地公证等，具体需求根据学校和入管局的要求而定。

建议提前规划好时间，准备好所有必要的材料，并选择信誉良好的公证处进行办理，以确保公证过程顺利且及时。