办理日本留学生护照的流程如下：

准备材料

2寸近期正面免冠彩色照片2张（国家公职人员不着制式服装，儿童不系红领巾，背景色以各地出入境管理处规定为准）。

-已满16周岁的居民携带本人户口簿（集体户口提交《常住人口登记表》）和居民身份证（或者临时身份证）。

未满16周岁的居民携带本人户口簿（集体户口提交《常住人口登记表》）和其监护人居民身份证原件以及能证明监护关系材料的原件（如户口簿、出生证等），并由其监护人陪同前往办理。

部队院校在读无军籍学员还须提交所在院校出具的无军籍证明：军人携带军官证（或者离退休证）、部队《因私事出国（境）人员审查批件》原件，所在部队须在《中国公民因私出国申请审批表》上出具意见并盖章，负责人要亲笔签名确认。

填写申请表

携带上述材料去户籍所在地的公安局出入境管理处填写《中国公民因私出国申请审批表》，复印相关证明材料，拍照照相（须穿深色衣服）。

提交申请

向本人户口所在地市、县公安局出入境管理部门提出申请，回答有关询问并履行下列手续：

提交填写完整并贴有本人近期正面免冠照片的"中国公民出国申请审批表"一式二份和2张照片（照片规格二寸）。

提交与出境事由相应的证明材料（如入学通知书、语言能力证明、资金证明等）。

交验申请人居民身份证或户口簿，并提交其复印件。

支付费用

根据各地的收费标准不同，具体的申请费用需要咨询当地的公安机关出入境管理机构。费用一般不会太贵。

领取护照

申请被批准后，前往大使馆或领事馆领取日本留学护照（需携带身份证）。

建议提前准备所有必需的材料，并咨询当地公安机关出入境管理机构以获取详细的申请信息和费用情况。