农田被占用时，可以向以下部门投诉：

当地国土所或国土局：

土地归国土部门管理，发现违法占用农田的，应该及时到当地国土所或者国土局举报，也可以向上级政府部门举报，举报时应提交基本证据，比如照片、证人等。

12345政务服务便民热线：

非法占用耕地可拨打电话12345向政务部门投诉，12345热线提供“7-24小时”全天候人工服务，可以提高为民服务水平，推进依法行政，创新社会治理，维护自然人、法人和其他组织的合法权益。

12321国土资源部举报中心：

拨打后依照提示实施举报，可举报土地占用、违规建设和污染环境等疑问。

当地环保部门：

如有耕地被污染或占用，可拨打当地环保局的热线进行举报。

农村土地执法部门：

农村土地执法部门也可接受耕地被占用的举报，可拨打当地农村土地执法部门的电话进行举报。

上级政府信访部门：

可以向上级政府信访部门举报，同时可以收集侵权的证据，到法院起诉，要求停止侵权，排除妨碍。

当地村委会或派出所：

农民土地被强占可以向当地村委会、派出所进行调解处理，然后到当地国土所或者国土局举报。

建议选择最便捷的举报方式，如拨打12345热线或直接到当地国土局举报，并提供充分的证据以便相关部门进行调查处理。