工程纳税的主要税种包括以下几种：

增值税

一般纳税人增值税税率为9%。

小规模纳税人增值税税率为3%。

营业税 （目前已取消，改为增值税）：

营业税税率为3%。

城市维护建设税

税率根据纳税人所在地不同分别为7%、5%或1%。

教育费附加

税率为3%。

地方教育费附加

税率为2%。

印花税

建筑安装工程承包合同的印花税率为合同金额的万分之三。

个人所得税

工程结算款的个人所得税税率为1%。

企业所得税

税率为25%。

小微企业可享受税收优惠，具体税率根据应纳税所得额不同分别为25%、10%或5%。

其他附加税

根据增值税额计算，例如附加税为增值税的6%。

房产税和 城镇土地使用税

根据房产原值或租金收入计算，具体税率根据地方规定而定。

建议在实际操作中，根据具体的业务类型、企业规模及所在地政策，详细咨询当地税务部门，以确保正确缴纳税款并享受相关优惠政策。