商铺被占用的赔偿方式如下：

造成停产、停业的补偿

在规定的过渡期限内，按照所涉及的在册工人数或者工商营业执照登记的实际从业人数给予一次性最低工资补偿。

过渡期18个月以内的，补偿6个月。

停租的补偿

按房管部门核发的《房屋租赁证》所载明的租金标准的50%补偿，直至回迁。

商铺所有权人的补偿

对商铺估价补偿。

商铺出租的租金损失的补偿。

商铺承租人的补偿

店面装修的补偿。

停产停业损失的补偿。

货物出清损失的补偿。

设备搬迁或重置的补偿。

其他补偿

如果商铺被占用是因为征收或拆迁，还可能包括搬迁费、临时安置费或周转用房等。

需要注意的是，具体的补偿标准和金额需要根据实际情况进行评估，并且可能需要与占用人或相关政府部门进行协商。建议咨询专业律师或相关机构以获得更详细和准确的赔偿方案。