企业年金的扣除方式如下：

企业缴费 ：企业年金所需费用由企业和职工个人共同缴纳。企业缴费每年不超过本企业职工工资总额的8%，企业和职工个人缴费合计不超过本企业职工工资总额的12%。具体所需费用，由企业和职工一方协商确定。

职工个人缴费：

职工个人缴费由企业从职工个人工资中代扣代缴。

住房公积金（一金）

住房公积金是由企业和个人共同缴纳的保费，个人应该承担的部分需要从个人工资里由企业扣除。

举例来说，在北京，养老保险个人承担8%，单位承担17%；医疗保险个人承担2%，单位承担8%；失业保险个人承担1%，单位承担2%。

其他保险和公积金

工伤保险和生育保险完全是由企业承担的，个人不需要缴纳。

总结：

企业年金和住房公积金（一金）的费用通常由企业从职工个人工资中代扣代缴。具体扣除比例和金额由企业和职工个人协商确定，并需遵守相关法规和规定。其他保险（如养老保险、医疗保险和失业保险）和住房公积金的个人部分由企业代扣代缴，而企业需要承担工伤保险和生育保险的全部费用。