云南的恶性涉黑强奸案件是 孙小果案。

孙小果案是一起发生在云南昆明的恶性涉黑强奸案件，涉及多名受害女性，手段极其残忍。孙小果从1994年开始就带着一帮社会混混，犯下强奸、轮奸、暴力殴打、虐待、囚禁等多起罪行。其中年龄最小的受害者仅13岁。孙小果在服刑期间通过暗箱操作和权力关系，多次获得减刑，最终于2010年4月出狱，实际服刑约13年。

2019年4月，中央扫黑除恶第20督导组进驻云南省期间，昆明市打掉了孙小果等一批涉黑涉恶犯罪团伙。孙小果案经媒体报道后，引发社会高度关注。中央督导组在督导中发现孙小果案背后存在较多问题，遂将该案作为重点案件向云南省交办。全国扫黑办有关负责人表示，中央第20督导组已责成云南省组织专门力量，依法严查孙小果涉黑案及背后存在的严重问题，全国扫黑办将配合中央督导组对该案同步督办，一盯到底，彻底查清问题，依纪依法严肃处理，回应社会关切。

2020年2月20日，孙小果被执行死刑，结束了其罪恶的一生。