办理农村自建房房产证需要支付的费用主要包括以下几项：

登记费

住宅：每套80元

非住宅：每宗550元

测绘费

住宅：每平方米1.3元

非住宅：每平方米2元

其他费用

上图费：100元/栋

白蚁防治费：2.5元/㎡

安全鉴定费：2.8元/㎡

档案费：70元/本

印花税：5元/本

建议

费用汇总：

住宅：登记费80元 + 测绘费1.3元/㎡ = 80元 + 1.3元×面积

非住宅：登记费550元 + 测绘费2元/㎡ = 550元 + 2元×面积

咨询当地房管部门：由于各地政策和经济发展条件不同，具体费用可能有所差异。建议提前咨询当地的房管部门或产权登记部门，获取最准确的费用信息。