当工厂被查封时，应当采取以下步骤处理：

了解查封原因和依据

首先要明确查封的合法性，如果对查封的合法性存在疑问，应及时向作出查封决定的机关提出异议，要求其说明查封的依据和理由。

核实查封范围和财产状况

仔细核对查封的财产是否属于公司的破产财产，是否存在错误查封或超范围查封的情况。同时，了解查封财产的具体状况，包括财产的种类、数量、价值等，以便后续处理。

参与破产程序

公司进入破产程序后，应积极参与其中，如申报债权、参加债权人会议等。在破产程序中，可以对查封财产的处置提出意见和建议，维护自身的合法权益。

寻求法律救济

如果认为查封行为侵犯了自身的合法权益，可以通过法律途径寻求救济。例如，可以向法院提起诉讼，要求撤销违法的查封决定，或者要求赔偿因查封行为造成的损失。在诉讼过程中，要提供充分的证据证明查封行为的违法性和自身的合法权益受到了损害。

按照消防部门的要求整改

如果工厂是因为消防问题被查封，应按照消防部门的整改意见积极落实隐患整改，整改合格后消防部门会解决查封。

与执行申请人沟通

如果查封是因为债务问题，可以联系申请执行人，了解债务情况，并尝试协商还款事宜，以解除查封。

注意法律程序

如果工厂被查封后，法院作出了解除查封的裁定，应按照裁定书的要求到相关部门申请解除查封。

合法处置查封财产

在破产程序中，查封财产会按照法定程序进行处置，优先清偿职工工资等优先债权。如果对查封财产的处置有异议，可以在破产程序中提出。

通过以上步骤，可以妥善处理工厂被查封的事宜，维护工厂的合法权益，并确保按照法律规定进行整改和后续处理。