如果一个记分周期内违章过多，一辆车三本驾照都不够扣分，那么剩下的分就只能由车主自己全部承担了。根据规定，一辆车最多只能使用三本驾驶证处理违章，超过三本驾驶证的话，车辆和驾驶证就都会被锁定，并涉嫌代替扣分的名义拉入黑名单。

具体处理方式如下：

扣留驾驶证：

驾驶人累积记分达到12分时，公安机关交通管理部门将扣留其驾驶证。

参加学习和考试：

驾驶人需要在15天内到指定地方参加为期7天的道路交通安全法律法规及相关知识学习。通过学习后，车管所在20日内对其进行考试，考试通过的记分予以清除，并返还驾驶证。考试不通过的继续参加学习、继续进行考试，拒不参加学习的，车管所将公布其驾驶证暂停使用。

承担剩余分数：

如果一个记分周期内违章过多，三本驾照都不够扣分，那么剩下的分就只能由车主自己全部承担了。

因此，建议车主在驾驶过程中要遵守交通规则，避免违章过多导致需要承担全部责任的情况发生。